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感染，曼哈顿的大规模疫情暴发也就此埋下了伏笔。
alexmercer在车站被射杀的时候就已经身亡，接下来在停尸房醒过来的，大家一直在游戏中*控的东西根本不属于人类，它是破碎瓶中的病毒沾上alex尸体之后对其外形及性格的继承，游戏标题“原型体”也指的是他。在游戏的某关，也可以听到将军的话：“不！已经不能用'他'来称呼！应该是'它'！”后来的电话中，也可以看到alex和他的“合作者”的对话：“啊…你已经不是人类了，你是黑色守望者的病毒而已。”
至于前文提到elizabethgreene等待的东西，即是“原型体”对她的释放，而greene的台词”iamyourmother”并不是指“原型体”是她生下的那个婴儿，而是指原型体病毒来源于她。
游戏越发展下去，游戏的内涵也就越明了：人类对于自己犯的错误只是掩盖再掩盖，实在掩盖不住了，就不惜代价毁掉。而刚刚出生18天的病毒“alex”却知道要保护某些东西：保护自己的“妹妹”，保护人类文明不被毁灭（游戏最后，曼哈顿就要被军方用核弹毁灭掉），不在重踏希望镇的悲剧。这些，不得不佩服剧情的编辑者。
2剧情编辑
黑光病毒最初来自于希望镇实验的成功品，随着希望镇的陨灭，它与elizabethgreene一同销声匿迹了20余年，直到mcmullen博士将其重新启用。整个计划本来进展的有条不紊，但还是泄漏了。得知如此危险致命的病毒与一直受非人折磨研究的elizabethgreene的alexmercer决心将此事曝光天下，但却不幸成为了黑色守望与gentec的牺牲品。最后alexmercer被*无奈将病毒摔在地上，惊怒之下的黑色守望士兵枪|杀了alex，但是他们没注意到alex倒在了碎掉的病毒上。
alex最后在黑色守望的停尸房里醒来，迅速逃出去后发现病毒已经感染了他，不过他却仍然清醒，且外形没有多大改变。之后在一次次战斗中解锁黑光病毒的种种神奇的能力——将身体部分改造成武器，特殊的视野以及行走滑翔于高楼大厦之间的能力。
不过，虽然大部分黑光病毒是被alex吸收的，还是有一小部分传了出去，经过一传十，十传百的感染，形成了庞大的感染者帝国，有像丧尸的普通感染民众，强壮善弹跳的爬行者等等。这个感染者帝国渐渐可以与黑色守望抗衡，甚至在游戏后期可以压制。而黑色守望的原型体
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