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和“薯蓣”应列菜部，古代的本草书列入草部；“萎蕤”与“女萎”本是两种药材，而有的本草书说成是一种；“兰花”只能供观赏，不能入药用，而有的本草书将“兰花”当作药用的“兰草”；更严重的是竟将有毒的“钩藤”当作补益的“黄精”。李时珍认为古代本草书上那么多的错误，主要是对药物缺乏实地调查的结果。
宋代以来，我国的药物学有很大发展，尤其随着中外文化交流的频繁，外来药物不断地增加，但均未载入本草书。李时珍认为有必要在以前本草书的基础上进行修改和补充。这时，李时珍已经35岁了。
过了五年，朝廷下了一道诏书，要在全国选拔一批有经验的医生，填补太医院的缺额，武昌的楚王朱英燎，推荐了李时珍。李时珍认为北京是明王朝的京都，那里不仅聚集了全国重要的医药书籍，还可看到更多的药材，这对修改本草书是一个极好的机会。李时珍接受了楚王的推荐，4l岁进入北京太医院，并担任了太医院院判的职务。
明世宗朱厚熜是一个昏庸透顶的皇帝。他一心追求长生不老的仙丹药，还想做神仙。太医院中的医官们，为了迎合朱厚熜的需要，不仅向全国各地收集“仙方”和“丹方”，同时又翻遍了历代本草书，企图从中获得长生不老之药。有的医官说“久服水银，可以长生不死”，有的医官说“炼食硫黄，可以长肌肤益气力”；有的说“灵芝是仙草，久食可以延年益寿”。李时珍听到这些无稽之谈，更下定决心准备修改本草书。
李时珍利用太医院良好的学习环境，不但阅读了大量医书，而且对经史百家、方志类书、稗官野史，也都广泛参考。同时仔细观察了国外进口的以及国内贵重药材，对它们的形态、特性、产地都一一加以记录。过了一年左右，为了修改本草书，他再也不愿耽下去了，借故辞职。
在回家的路上，一天，李时珍投宿在一个驿站，遇见几个替官府赶车的马夫，围着一个小锅，煮着连根带叶的野草，李时珍上前询问，马夫告诉说：“我们赶车人，整年累月地在外奔跑，损伤筋骨是常有之事，如将这药草煮汤喝了，就能舒筋活血”。这药草原名叫“鼓子花”，又叫“旋花”，李时珍将马夫介绍的经验记录了下来。写道：旋花有“益气续筋”之用。此事使李时珍意识到修改本草书要到实践中去，才能有所发现。
李时珍为了修改本草书，对各种医书上的不同记载进行调查研究，为了搞清形态相似的苹、水萍和萍逢草，曾到家门口的雨湖，还到较远的马口湖、沿市湖、赤东湖进行采集，耐心观
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