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割据，东方帝国陷入战乱和衰退，边境的蛮族和被收编的蛮族军将在帝国内地横行无忌，边境的蛮族政权被逐一建立起来，内部的野心家也此起彼伏。太平教的教产和合法性受到东方帝国衰微的严重挑战，在这一时期太平教屡次组织护教军保护圣地，付出了极大的代价。这导致了太平教向西扩张的脚步停止了。
自十一世纪神圣帝国重建起，帝国的皇帝发动了一系列南征战争，回击太平道对帝国南方领土的占领。初期南征十分成功，帝国在东英特雷、仙克提半岛、潜龙岛，甚至化胡岛和穆雷曼半岛上建立了一系列的公国和侯国。原本帝国有可能将南方诸岛彻底收为领土，但他们的成果却被后来的太平教宗教改革领袖张载及其继承者再度征服。张载的弟子韩钢将太平道国的首都迁至潜龙岛上的太平府，以此为中心和神圣帝国对峙。
在十二世纪，方腊执政时期，太平道诸国一度将注意力转回东方。但在这一被称作“黑潮”的历史时期，整个唐帝国和其内部所有的诸侯国、以及附近的文明蛮族国家，被空前强大的入侵者“黑色亡灵”几乎全部扫空，亡灵铁蹄踏过青牛府，只有太平府和西平府幸存。卢允执政组建了抵抗亡灵瘟疫的大同盟，并最终击败了它们。
不管是此时的太平道诸国，还是重建的后唐帝国，都是松散的、脆弱的政权，内部充满了在亡灵瘟疫期间定居下来的蛮族。但这反而形成了移民太平道文明综合体的新时代，使得太平道进一步稳定了其在东英特雷、香料群岛甚至瀛洲的位置，直到十六世纪后唐帝国灭亡和神圣柯曼帝国内战爆发。
神圣柯曼帝国的内战带来了被称作“新教”的新型宗教，以及以“联省共和国”为名的新政权。这一政权爆发出了腐朽的神圣帝国难以比拟的强大战斗力，不仅夺取了东英特雷，还在五十年内事实上打通了整条贯通东西方的海上航路，其触手远达东方帝国本土。连串的失败让太平府也失去了对穆雷曼和西唐诸国的控制权，一系列的中型政权出现在了潜龙群岛和穆雷曼半岛的土地上，除嗣师之外，竟有四、五个强有力的执政控制着这片土地，各自信仰不同的宗派。
其中最接近日后世俗主义太平教的是以西平府为中心的西唐政权，这一政权是后来远东共和国的前身。约同一时期，在新大陆的华朝东海都护府领地，全真派的道士们在盐州建立了他们自己的太平教。这一部分的道士在未来将被称作“新异端”。
宗派
和各大宗教一样，太平教亦充斥着大量的宗派，这些宗派在宗教信仰的本质上相同，
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